本月25日，日本足协官方正式公布2025赛季的日联杯比赛时间与赛制。在下赛季的日联杯比赛中，日职联、日职乙和日丙共60支球队都将获得参赛机会，具体情况如下。

首轮淘汰赛将在三月到五月进行，55支来自三个级别联赛的球队将分成7个小组，进行单场制的淘汰赛。每组最终杀出重围的7支球队，将与今年参加亚冠2赛事的广岛三箭组成第二轮淘汰赛的8进4对阵。值得一提的是，首轮淘汰赛如无特别说明都将在低级别联赛球队的主场进行，常规时间内如不分胜负，则将以加时和点球的方式决出晋级名额。

第二轮淘汰赛将在6月4日和6月8日进行两回合的主客场比赛，参加球队为首轮脱颖而出的7支球队与直通次轮的广岛三箭。最终取胜的4支球队，将与神户胜利船、浦和红钻、川崎前锋和横滨水手四支参加世俱杯或亚冠精英赛的球队组成日联杯的八强。值得一提的是，日联杯不计算客场进球数，如总比分持平则将在第二回合进行加时和点球决胜。

1/4决赛将在9月3日和9月7日进行两回合的主客场淘汰赛，其中主场和客场的顺序将在第二轮淘汰赛结束后抽签决定。随后的半决赛将在10月8日和10月12日进行两回合主客场比赛，而决赛的日期和地点则尚未确定，1/4决赛以及之后的比赛，决胜方式与第二轮淘汰赛相同。